De Geertruidskerk was tot 1593 belangrijk voor het katholieke geloof in Geertruidenberg en omgeving. Daarna werd het een protestantse kerk (Nederlands hervormd).
In 1573 was de reformatie, de overgang van katholiek naar protestants, volop aan de gang in Nederland. Of een kerk van het oude of van het nieuwe geloof was, hing samen met wie in de stad de baas was. In 1573 namen de geuzen van Willem van Oranje Geertruidenberg in en mocht men niet meer katholiek zijn. Daarna heroverden de Spaanse troepen van Filips II de stad en was de kerk weer voor de katholieken. In 1593 kwam de stad opnieuw en nu voorgoed in handen van het Staatse leger van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. De Geertruidskerk was vanaf toen definitief protestants.
In de katholieke periode was de Bergse kerk een collegiale kerk. Dat betekende dat een groep priesters met hoge rang, de kanunniken, de kerk zelfstandig bestuurde. Deze priesters woonden bij de kerk in de straat die nu Elfhuizen heet. Iedere kanunnik, elf in totaal, had daar een eigen woning. De plaatsen Made en Stuivezand behoorden bij Geertruidenberg en ook tot de Bergse parochie. In 1512 kreeg Made een eigen kapel, de huidige Nederlands-hervormde kerk aan de Patronaatstraat, die de Geertruidskerk als moederkerk had. In Made kon men iedere zondag de mis bijwonen, maar voor veel andere zaken, zoals dopen, moest men toch naar de stad.
Hoewel de kanunniken de kerk zelfstandig bestuurden, viel de parochie onder het bisdom Luik. In 1559 deelde de paus de bisdommen opnieuw in en werd het grote Luikse bisdom gesplitst, waardoor de Bergse kerk bij het bisdom ’s-Hertogenbosch kwam. Ieder bisdom bestond uit dekenaten, een groep parochies. De belangrijkste pastoor van zo’n dekenaat werd hoofd ervan: de deken. De pastoor van Geertruidenberg werd aangesteld als deken. Zijn gebied omvatte de parochies van Raamsdonk, Waspik, Capelle, Sprang, Besoijen, Waalwijk, Baardwijk, Drunen, Geertruidenberg, Drimmelen, Zwaluwe, Zevenbergen, ‘s Gravenmoer en Loon op Zand.
De organisatie van de katholieke kerk is hiërarchisch opgebouwd. Dat wil zeggen dat één persoon wereldwijd aan het hoofd staat (de paus). Onder hem staan de kardinalen, die weer per land de baas zijn van de bisschoppen. Ieder bisdom is verdeeld in dekenaten, die op hun beurt bestaan uit de verschillende parochies. Gezag, bestuur en regelgeving worden dus van bovenaf opgelegd aan de gewone mensen, de parochianen. Het protestantse geloof daarentegen is van onderaf opgebouwd. Iedere protestantse gemeente is in feite zelfstandig. De afzonderlijke gemeenten zijn gebundeld in een soort provincie, de classis, die samen het landelijke bestuur vormen. Maar de individuele gelovige is zelf verantwoordelijk voor zijn of haar geloofsbeleving, daarin ondersteund door de gekozen (beroepen) dominee, terwijl de katholiek van bovenaf de regels van de kerk opgelegd krijgt.
Dat betekende in 1593 voor de inwoners van Geertruidenberg niet alleen een verandering in de uitoefening van hun geloof, maar ook een heel andere en modernere manier van denken. Niet langer hoorden ze van de pastoor hoe en wat ze moesten geloven. Ze werden geacht zelf de bijbel te lezen.
De Bergenaren die katholiek wilden blijven, moesten voortaan ergens anders naar de kerk, bijvoorbeeld in Oosterhout, maar ook in de Lambertuskerk van Raamsdonk konden zij nog tot 1609 terecht. Officieel was de laatste katholieke pastoor van de Lambertuskerk protestants geworden. Dat moest hij wel zeggen, omdat hij anders werkloos zou zijn. Nu kon hij als dominee gewoon verder gaan. Toch veranderde hij weinig en ging eigenlijk op de oude, katholieke, manier verder. Veel inwoners van Geertruidenberg gingen daarom naar Raamsdonk als ze een mis wilden bijwonen of als ze gingen trouwen. Totdat, onder andere op aandringen van de dominee van Geertruidenberg, de Raamsdonkse pastoor gedwongen werd te veranderen of te vertrekken. Hij koos het laatste.